● 靈活的空間轉(zhuǎn)錄組裝置
精確和可控的MERFISH/seqFISH實(shí)驗(yàn)的完整實(shí)驗(yàn)裝置
● 自動(dòng)化注液
能同時(shí)控制超過23個(gè)溶液的流量
● 與顯微鏡同步
通過TTL觸發(fā)器和SDK開發(fā)包實(shí)現(xiàn)微流體的同步灌注和成像功能
● 高度可重復(fù)性
穩(wěn)定和自動(dòng)化的流體系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)更好的重復(fù)性。
● 節(jié)省時(shí)間和試劑
使用更少的昂貴試劑，更快的實(shí)驗(yàn)。
用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的SEQFISH包
該應(yīng)用包包含ESI操作軟件和OB1壓力真空控制器、微流體分配閥MUX Distribution12等，可以幫助您快速進(jìn)行MERFISH/seqFISH/seqFISH+實(shí)驗(yàn)，通過ESI操作軟件實(shí)現(xiàn)整個(gè)實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)的軟件控制和自動(dòng)化運(yùn)行。
該應(yīng)用包的主要優(yōu)勢(shì)：
● 超精確的小體積液體分配的流量控制
● 精確自動(dòng)分配高達(dá)數(shù)十種染料
● 與其他設(shè)備同步如熒光顯微鏡
● 同時(shí)對(duì)不同樣品進(jìn)行成像
● 提高實(shí)驗(yàn)的再現(xiàn)性
● 不同種溶液的快速簡單的順序注入系統(tǒng)
● 使用靈活的操作軟件實(shí)現(xiàn)測序和自動(dòng)化實(shí)驗(yàn)
● 通過并行使用多個(gè)芯片或具有多個(gè)通道的微流控芯片來擴(kuò)展分析
● Sequence序列器可實(shí)現(xiàn)各個(gè)系統(tǒng)平臺(tái)的溶液的自動(dòng)化運(yùn)行
該應(yīng)用包的主要特點(diǎn)是：
● 降低成本
● 實(shí)用，簡單方便。
● 靈活多樣
● 適應(yīng)于每個(gè)SeqFISH實(shí)驗(yàn)所需要的液體試劑的數(shù)量
● 允許在微流體尺度上進(jìn)行多重?zé)晒庠浑s交實(shí)驗(yàn)，通過減少所需試劑的體積，大大降低每次實(shí)驗(yàn)的成本。
Elveflow微流體實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)平臺(tái)適合長時(shí)間的實(shí)驗(yàn)，具有出色的穩(wěn)定性，沒有潛在的有害的壓力峰值風(fēng)險(xiǎn)。此外，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的SEQFISH包內(nèi)的每個(gè)組件都是可調(diào)配的，以滿足您的實(shí)驗(yàn)室基礎(chǔ)建設(shè)需求和實(shí)驗(yàn)步驟需求。
為什么使用微流控進(jìn)行熒光原位雜交實(shí)驗(yàn)？
使用微流體技術(shù)是進(jìn)行MERFISH（多重誤差-穩(wěn)健熒光原位雜化）或seqFISH（次序熒光原位雜化）并觀察多個(gè)基因及其空間構(gòu)型的有效方法，因?yàn)椋?/p>
● 允許使用大量的昂貴染料和緩沖液進(jìn)行實(shí)驗(yàn)
● 與生物學(xué)應(yīng)用和顯微鏡觀察完全兼容
● 可實(shí)現(xiàn)一個(gè)自動(dòng)化序列，將溶液注入細(xì)胞，創(chuàng)建一個(gè)特定的實(shí)驗(yàn)裝置；
● Elveflow集成微流體平臺(tái)系統(tǒng)，使實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)更加緊湊和易于使用；
● 可以將多個(gè)不同的芯片連接到系統(tǒng)平臺(tái)，方便并行觀察不同的樣品；
在此熒光原位雜化系統(tǒng)裝置之前，該應(yīng)用包可以與其他微流體步驟相結(jié)合，例如單細(xì)胞隔離的單細(xì)胞包封[1]。
微流體也可以被應(yīng)用于稱為MA-FISH的方法，該方法使用稀釋探針溶液的震蕩流或執(zhí)行條形碼（DBiT - seq）。
泰初科技擁有微流體流動(dòng)控制領(lǐng)域超過6年的應(yīng)用經(jīng)驗(yàn)，可以提供先進(jìn)的流體控制、軟件開發(fā)和生物學(xué)領(lǐng)域的專業(yè)知識(shí)，是值得信賴的合作伙伴。
[1] Mayr U., Serra D., Liberali P. Exploring single cells in space and time during tissue development, homeostasis and regeneration. Development, 2019, 146(12),
應(yīng)用
seqFISH是一種高靈敏的技術(shù)，可以準(zhǔn)確的檢測出單細(xì)胞RNA-seq或免疫染色通常檢測不到的低拷貝數(shù)基因。此外，在RT-PCR和RNA的測序中，逆轉(zhuǎn)錄或PCR擴(kuò)增往往會(huì)導(dǎo)致定量偏差。由于seqFISH可以應(yīng)用于任何組織類型而無需預(yù)先選擇基因，因此，其能夠不偏不倚地發(fā)現(xiàn)與某些生物現(xiàn)象相關(guān)的新基因。
● 不同的熒光原位標(biāo)記方法：seq-FISH, MER-FISH, seqFISH+, HCR-FISH
● 蛋白質(zhì)組學(xué)和空間組學(xué)應(yīng)用
● 識(shí)別新的細(xì)胞類型
● 基因組組織成像
● 核架構(gòu)圖成像
● 細(xì)胞軌跡分析
● 轉(zhuǎn)錄物和蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位
● 配體-受體對(duì)分析
● 用于轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組成像的超過10,000個(gè)分子
● 細(xì)胞間通訊和信號(hào)研究
● 組織微環(huán)境對(duì)細(xì)胞狀態(tài)變化和發(fā)育軌跡的影響
● 復(fù)雜的多細(xì)胞生物系統(tǒng)分析
● 復(fù)雜生物現(xiàn)象的研究
● 測量單細(xì)胞在各自空間位置上的表型和基因組狀態(tài)
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的原理
seqFISH 能夠精確地原位定量[1]的mRNA水平。SeqFISH 和 MERFISH 使用探針檢測單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組[1][2][3]。
首先，用一組熒光FISH探針和標(biāo)記染料進(jìn)行原位雜化。然后，使用DNase去除熒光團(tuán)，mRNA再次與相同的FISH探針雜化，但使用不同的標(biāo)記染料。幾輪雜化和其他染料允許在單細(xì)胞[4]中對(duì)幾個(gè)基因進(jìn)行條形編碼。
SeqFISH+是改進(jìn)的SeqFISH技術(shù)，非常適合細(xì)胞的空間和生物過程研究。其將seqFISH與共聚焦顯微鏡相結(jié)合，產(chǎn)生超分辨率成像，并在單細(xì)胞[5]中多路復(fù)用10,000個(gè)基因。
多重誤差穩(wěn)健熒光原位雜化（MERFISH）是對(duì)單分子熒光原位雜化（smFISH）的改進(jìn)。該方法大規(guī)模并行并同時(shí)在空間上識(shí)別數(shù)十萬中RNA。此外，由于使用了一些未分配的二進(jìn)制條碼，該方法可以檢測錯(cuò)誤，然后以錯(cuò)誤魯棒性的方式進(jìn)行糾正。這是與seqFISH相比的主要區(qū)別，seqFISH以顏色序列編碼[6]。
微流控芯片技術(shù)平臺(tái)改進(jìn)了seqFISH和MERFISH方法，降低了成本和節(jié)省了實(shí)驗(yàn)時(shí)間，同時(shí)提供了實(shí)驗(yàn)流程的自動(dòng)化運(yùn)行和實(shí)驗(yàn)可再現(xiàn)性[7]。
[1] Shah, Sheel & Lubeck, Eric & Zhou, Wen & Cai, Long. (2016). In Situ Transcription Profiling of Single Cells Reveals Spatial Organization of Cells in the Mouse Hippocampus. Neuron. 92. 342-357.
[2] Raj A, van Oudenaarden A. Nature, nurture, or chance: stochastic gene expression and its consequences. Cell. 2008;135:216–226.
[3] Asp, M., Bergenstråhle, J., Lundeberg, J., Spatially Resolved Transcriptomes—Next Generation Tools for Tissue Exploration. BioEssays 2020, 42, 1900221.
[4] Lubeck, E., Coskun, A., Zhiyentayev, T. et al. Single-cell in situ RNA profiling by sequential hybridization. Nat Methods 11, 360–361 (2014).
[5] Eng, CH.L., Lawson, M., Zhu, Q. et al. Transcriptome-scale super-resolved imaging in tissues by RNA seqFISH+. Nature 568, 235–239 (2019).
[6] Moffitt, J R, and X Zhuang. “RNA Imaging with Multiplexed Error-Robust Fluorescence In Situ Hybridization (MERFISH).” Methods in enzymology vol. 572 (2016): 1-49.
[7] Rodriguez-Mateos, P., Azevedo, N.F., Almeida, C. et al. FISH and chips: a review of microfluidic platforms for FISH analysis. Med Microbiol Immunol 209, 373–391 (2020).
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的SEQFISH應(yīng)用包的配置：
● OB1壓力流量控制器
● 流量傳感器MFS（獲得更好的實(shí)驗(yàn)性能，可選用BFS流量計(jì)）
● 一個(gè)或兩個(gè)微流體分配閥MUX Distribution12
● 導(dǎo)管和魯爾接頭套裝
● 樣品儲(chǔ)液池，從1.5mL到100mL等
● 微流控芯片（可選，根據(jù)實(shí)驗(yàn)要求而定）
● ESI自動(dòng)化控制軟件
● 使用手冊(cè)
